日銀は2016年3月15日、証券会社の決済口座にあたるマネー・リザーブ・ファンド（ＭＲＦ）の資金について、証券取り引きの決済機能を持っているとしてマイナス金利を適用しないことを決定。元本割れで投資家が混乱する事態を避け、個人の株式投資などを通じた運用資産見直しの進展につながると説明した。また、金融機関から預かる当座預金残高のうちマイナス金利の適用対象を、10兆～30兆円規模に据え置くことも決定。対象を３カ月おきに見直し、預けるお金が増えても、マイナス金利の適用規模が広がらないようにするという。さらに貸出支援制度を利用して企業向け融資を増やした銀行を対象に、増えた融資の最大４倍にあたる額をマイナス金利の対象から外すことも決めた。